In einer Reihe von Rückblenden erfahren wir, wie und warum Jason Higgins zum Anführer der ersten Generation und zum bevorzugten Kind von Wayward Pines erhoben wurde. In der Zwischenzeit taucht Krankenschwester Pam wieder auf und wird zu einer tödlichen Bedrohung für die Stadt, und Theo untersucht immer tiefer, warum er speziell ausgewählt wurde, Teil der Bevölkerung von Wayward Pines zu sein.