Zwei Mitglieder des Pakistan International Fund (PIF) werden ermordet – das FBI vermutet, dass eine islamistische Terrororganisation dafür verantwortlich ist. Es stellt sich heraus, dass ein gewisser Shane O’Hanahan, ein ehemaliger Waffenschmuggler der IRA, die PIF unterwandert hat. Charlie befindet sich in einem Zwiespalt, weil ein Kollege von ihm mit dem Fall in Zusammenhang gebracht wird. Auch Megan hat zu kämpfen: Sie steckt in einer persönlichen Krise und verlässt das Team.