Tony leidet infolge einer Schussverletzung an einer Amnesie. Um die Attacke aufzuklären, versucht Gibbs' Team, seine Erinnerung zurückzubringen. Es stellt sich heraus, dass Tony zuvor mehrere Monate mit einer geheimen Ermittlung beschäftigt war, die einen Maulwurf im NCIS enttarnen sollte. Seine Hinweise deuten auf Agent Cade hin, ein ehemaliges Mitglied des Teams von E. J. Barett. Doch bei dem Anschlag auf Tony wird Agent Cade erschossen und E. J. Barett verschwindet spurlos.