Gibbs und sein Team müssen den Tod ihrer Kollegin Kate verarbeiten, da taucht die israelische Agentin Ziva David auf, um den Täter Ari zu schützen. Derweil wird Ducky von Ari gefangen genommen, um ihn davon zu überzeugen, dass er unschuldig wäre. Auch ein Wechsel in der Führungsspitze findet statt: Neuer Director wird Jenny Shepard, mit der Gibbs eine gemeinsame Vergangenheit hat.