Als Nachwirkung des Finales der zehnten Staffel ist Gibbs’ Team nicht mehr komplett, weil DiNozzo und McGee sich an ein Leben als Zivilisten anzupassen versuchten. Jedoch nimmt die Handlung eine unerwartete Wendung, als eine Hotelbombe explodiert, die SECNAV Clayton Jarvis tötet und Tom Morrow verletzt, wobei das NCIS Team später erkennt, dass jemand sie einer nach dem anderen zur Strecke zu bringen versucht.