Im Staffelfinale bekämpfen Coulson, May, Triplett und Skye die Centipede-Soldaten, versuchen Cybertek zu infiltrieren, und es kommt es zum unausweichlichen Showdown zwischen Agentin May und dem abtrünnigen Ward, zwischen S.H.I.E.L.D. und HYDRA, zwischen Gut und Böse.