MacGyver steht vor einem gerissenen neuen Gegner, dessen sorgfältig ausgearbeitete Pläne Mac in das Epizentrum einer unmöglichen Wahl stellen: das Leben eines Freundes retten oder das Leben hunderter Unschuldiger retten. Außerdem erhält Mac neue Informationen, die einen Keil zwischen ihn und seinen Vater treiben werden.