Sydney und Vaughn suchen noch immer nach der Person, die sich mit Hilfe von Dr. Marcovic und dem Projekt „Helix“ duplizieren konnte. Durch einen Trick wird ihnen und der CIA weisgemacht, dass es sich bei der gesuchten Person um Will handelt. Sidney will ihren Freund um jeden Preis entlasten und schreckt dabei auch vor Erpressung nicht zurück.