Nachdem sie das Leben ihres Erben errettet haben, wird der hartnäckige Einzelgänger Snake Eyes in einem alten japanischen Clan namens Arashikage willkommen geheißen, wo ihm die Wege des Ninja-Kriegers beigebracht werden. Aber wenn Geheimnisse aus seiner Vergangenheit gelüftet werden, werden die Ehre und Loyalität von Snake Eyes auf die Probe gestellt – auch wenn das bedeutet, das Vertrauen derer zu verlieren, die ihm am nächsten stehen.